সরকার পরিচালনার ক্ষেত্রবিশেষে সুপ্রিম কোর্টের হস্তক্ষেপ এই সরকার মানতে চাইছে না। সুপ্রিম কোর্ট ও হাইকোর্টের বিচারপতিদের নিয়োগ ও বদলিসংক্রান্ত সিদ্ধান্তের শরিক হতেও সরকার বদ্ধপরিকর। যদিও এখনো সেই দায়িত্ব পুরোপুরি শীর্ষ আদালতের হাতে। সে জন্য জ্যেষ্ঠ বিচারপতিদের এক কমিটি রয়েছে। তাঁরাই নিযুক্তি ও বদলিসংক্রান্ত সিদ্ধান্ত নিয়ে তা অনুমোদনের জন্য কেন্দ্রে পাঠান। এটাকে ‘কলেজিয়াম ব্যবস্থা’ বলা হয়।

সরকার দীর্ঘদিন ধরেই চাইছে ওই ব্যবস্থার শরিক হতে। সুপ্রিম কোর্টের আপত্তিতে তা এখনো পারছে না। বিরোধীদের অভিযোগ, সেই কারণেই বিল পাস করে নির্বাচন কমিশনের নিযুক্তি থেকে সুপ্রিম কোর্টের প্রধান বিচারপতিকে সরকার বাদ দিল।
প্রতিটি নির্বাচনের আগে আদর্শ নির্বাচনবিধি মানা হচ্ছে কি না, কমিশন তা খতিয়ে দেখে। কিন্তু ২০১৪ সালে নরেন্দ্র মোদি প্রধানমন্ত্রী হওয়ার পর থেকে আজ পর্যন্ত তিনি, স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী অমিত শাহ কিংবা বিজেপির অন্যান্য শীর্ষ কোনো নেতার বিরুদ্ধে আনা কোনো অভিযোগই কমিশন আমলে নেয়নি।

বিরোধীদের অভিযোগ, এই আইন প্রণয়ন হওয়ার পর নির্বাচন কমিশন তার নিরপেক্ষ চরিত্র পুরোপুরি হারিয়ে ফেলবে। কমিশন হয়ে উঠবে সরকারের আজ্ঞাবহ।